Certaines zones humides du territoire sont connues et font l'objet de suivi, comme la Narse d'Espinasse, le lac d'Aydat, les Gorges de la Monne. D'autres, tout aussi essentielle au bon fonctionnement des hydrosystèmes, ne bénéficient d'aucune surveillance ou de protection particulière.

Certaines zones humides ont fait l'objet au cours de ces dernières années de travaux d'aménagements préjudiciables à leur fonctionnement, voire à leur maintien (travaux de drainage ou pratiques d'entretien inadaptées). Epuration phyisque et chimique de l'eau, contrôle et régulation des inondations, soutien des débits d'étiage, recharge des nappes phréatiques, maintien de la biodiversité végétale et animale... Les rôles positifs de ces zones humides sont multiples. Différentes zones peuvent aujourd'hui être concernées par des actions de restauration du Contrat de Rivière. Elles ne pourront se faire qu'avec l'accord de leurs propriétaires et gestionnaires.